La cipolla cotta è tossica per i cani e gatti, provoca loro emolisi, come anche alle vacche sia cotta che cruda, provoca emolisi per la presenza di n-propyl disulfide e i rari amminaocidi S-meth- e S-prop (en)ylcysteine sulfoxides (SMCO). Gli umani come le pecore (queste ultime hanno solo anemia transitoria) possiedono degli enzimi particolari per detossificare i metaboliti della cipolla tranne le etnie mancanti di G6PD. Inoltre le cipolle sono suscettibili di essere contaminate da micotossine.
A consumo umano sono noti gli effetti sul testosterone del succo fresco e tanti altri, tutti presupposti benefici,l'uso storico della cipolla è rassicurante per l'uomo, per i cani è tossico anche il cioccolato, per dire.
Per il resto si potrebbe aprire una discussione a parte e approfondire.
Certo è che da cruda si fa rispettare inducendoci lacrimazione.

Edit: From Peatarian e-mail exchanges:

Ray Peat wrote:Alliums (garlic & onions)
Raw, they do have some germicidal effects, sometimes improving intestinal function. The effect depends on the nature of an individual's intestinal flora.

Basically wrong, but there are some areas that would be worth investigating, such as the different physiological effects of raw onions and cooked onions. It's possible that the enzymes inhibit some toxic effects of the irritating chemicals in onions.

Riprendo il discorso della cipolla, ieri sera ne ho mangiata un bel pò nelle patate, cruda, per la prima volta ho sperimentato il reflusso gastrico.
Oggi ho mangiato gli avanzi ed ho capito che è stata la cipolla dati gli stessi effetti...
Mi capita di rado di mangiarla cruda perché altrimenti dovrei sigillarmi in una stanza e non parlare con nessuno, non me lo aspettavo un effetto del genere anche perché sono molto più forte di un tempo a livello gastrico, prima avevo sempre nausee e digestioni lente.
Vorrà dire che da cruda la eviterò a dovere, cosa non difficile data la puzza e le lacrime, forse dipende anche dal tipo di cipolla, non saprei.
Comunque:

L'effetto delle cipolle crude su reflusso acido e sintomi di reflusso.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2327378
I pazienti con reflusso gastroesofageo spesso descrivono il bruciore di stomaco dopo "i pasti piccanti". Un ingrediente comune alla maggior parte di questi pasti è cipolla. Abbiamo studiato gli effetti della cipolla su reflusso acido e sintomi da reflusso in 16 soggetti normali e 16 soggetti di bruciore di stomaco. I soggetti sono stati studiati con una sonda pH esofageo per 2 ore dopo l'ingestione di un semplice hamburger e un bicchiere di acqua ghiacciata. Il pasto identico, con l'aggiunta di una fetta di cipolla, ingerita in un giorno controbilanciato. Variabili misurate erano certo numero di episodi di reflusso, la percentuale di tempo pH era meno di quattro, episodi di bruciore di stomaco, e rutti. L'ingestione di cipolle non ha aumentato nessuna delle variabili reflusso misurate in soggetti normali. Tuttavia, le cipolle sono aumentate in modo significativo tutte le misure nei soggetti con bruciore di stomaco, rispetto alla condizione senza cipolla, e confrontati con normali sotto la condizione di cipolla. Cipolle possono essere un potente agente reflussogenico di lunga durata nei pazienti con bruciori di stomaco.