La gran parte della selezione del microbiota intestinale si svolge nei primi anni di vita, periodo nel quale il sistema immunitario sviluppa tolleranza per quella che poi rappresenterà la flora batterica caratteristica dell'individuo nel corso della vita. I probiotici possono parzialmente modificare l'equilibrio ma solitamente gli effetti svaniscono qualche tempo dopo la fine del periodo di somministrazione... Più efficace sembrerebbe il trapianto fecale ( https://it.m.wikipedia.org/wiki/Batterioterapia_fecale). La dieta allo stesso modo può determinare degli adattamenti da parte del microbiota, rimanendo sempre nell'ambito del range tollerato e riconosciuto dal sistema immunitario.

Perché vorresti rifarti il microbiota intestinale?
Un'altra via, più soft del trapianto fecale, ma non altrettanto efficace, è la terapia antibiotica. Su alcuni soggetti funziona, su altri no.

ma gli antibiotici non sono il nemico numero uno della flora intestinale?

gli antibiotici uccidono tutto
chi ha problemi di disbiosi spesso si trova bene dopo un ciclo di antibiotici

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Purtroppo, tranne funghi e virus che, in una situazione di indebolimento del sistema immunitario causato dall'antibiotico, posso prendere il sopravvento.